El contenido medio de cobalto en las plantas es del 0,00002%. Su cantidad puede oscilar entre 0,021 y 11,6 mg por 1 kg de peso seco. Una gran cantidad está contenida en los nódulos de las leguminosas. También se concentra en los órganos generativos, se acumula en el polen y acelera su germinación. En las plantas, aproximadamente el 50% del cobalto se encuentra en forma iónica, el 20% en forma de compuestos de cobamida y como parte de la vitamina B12. La vitamina B₁₂ es sintetizada por microorganismos y entra en las plantas desde el suelo, en las plantas fijadoras de nitrógeno se forma en los nódulos. En las plantas se encuentra en las legumbres, nabos, guisantes y cebollas. Hasta el 30% de los compuestos son compuestos orgánicos estables no identificados.

Se ha aislado una forma activada (coenzima) de la vitamina B₁₂: la coenzima 5,6-dimetilbenzimidazolcobamida. En combinación con una proteína específica, forma la metilmalonilisomerasa, que cataliza la conversión de propionato en succinato.

El cobaltmetilcorrinoide sirve como donante de grupos metilo para la metilación del t-ARN. Se conoce una ribonucleótido reductasa dependiente de coenzimas. Las coenzimas de la cobamida intervienen en la síntesis del ADN y en la división celular. La reacción de metilación está implicada en muchos procesos, como el aumento de la resistencia de las plantas a ciertas enfermedades: el agente causante de la marchitez por Fusarium produce una toxina, el ácido de Fusarium, que forma un derivado no tóxico de la metilamida como resultado de la metilación.

El cobalto es un metal con valencia variable, lo que determina su potencial redox en diferentes entornos en las reacciones de oxidación-reducción. Sin embargo, no se encuentra en la composición de los grupos activos de las enzimas de la cadena respiratoria o de la fotosíntesis.

Varios estudios han establecido la conexión del cobalto con el metabolismo de la auxina y su efecto en el estiramiento de la membrana celular.

El cobalto es requerido por los cultivos de leguminosas en ausencia de nitrógeno ligado. La necesidad es 1/330 de la del molibdeno, y la necesidad de cobalto para la fijación del nitrógeno es 1/10 de la del crecimiento de los nódulos. El cobalto modifica la estructura del aparato de fijación del nitrógeno, el funcionamiento de los bacteroides es más activo. Las cápsulas alrededor de los bacteroides se forman antes y duran más. Efecto positivo en la reproducción de las bacterias de los nódulos.

El efecto del cobalto en la fijación del nitrógeno también se manifiesta en su participación en la síntesis de la leghemoglobina. Bajo la influencia del cobalto aumenta la actividad de las deshidrogenasas, hidrogenasas, nitrato reductasa, aumenta el contenido de clorofila, hematina total y vitamina E asociada a la clorofila.

Cuando el contenido de cobalto en el pienso es inferior a 0,07 mg por 1 kg de heno seco, los animales enferman de acobaltosis, disminuye la productividad y pueden morir por insuficiencia grave. Esta es la razón por la que se utilizan abonos de cobalto en praderas y pastos de zonas con carencia de cobalto.